В 1930-х годах был выделен пигмент мускаруфин — производное терфенилхинона. Предполагалось, что он отвечает за красную окраску шляпки мухомора и обладает антибактериальной активностью. Однако в 1970-х было установлено, что мускаруфин даёт лишь ярко-жёлтую окраску и не проявляет антимикробных свойств.
Другой пигмент терфенилхиноновой природы — мускафлавин (единственный жёлтый беталаин) — проявляет выраженное антимикробное, противовоспалительное, анальгетическое и ранозаживляющее действие. Его эффективность сопоставима с синтетическими препаратами. Мускафлавин использовали в народной медицине: мази, компрессы и кашицы из мухомора применяли, в том числе, против туберкулёза.
Цветовая гамма мухомора обусловлена беталаинами — производными индола, также присутствующими в свёкле (Beta vulgaris). Эти пигменты не родственны антоцианам: беталаины содержат атом азота, а антоцианы — нет. Кроме того, обе группы никогда не встречаются в одном организме. Предшественником беталаинов служит беталаминовая кислота, синтезируемая из дофамина. Всего известно не менее десяти беталаиновых пигментов.
Жёлтый цвет: мускафлавин
Оранжевый цвет: мускаурины (например, мускаурин J — защита от УФ-излучения)
Красный: мускарубрин
Красно-коричневый: мускарубин
Красно-фиолетовый: мускапурпурин
Недоразвитие этих пигментов приводит к жёлтой или белой окраске шляпки (альбиносная форма), что коррелирует с утратой наружных лечебных свойств гриба. Поэтому в фармакологических целях предпочтительны грибы с насыщенно-красной шляпкой.
Амавадин — уникальный азотсодержащий ванадийсодержащий анион, обнаруженный в Amanita muscaria, A. regalis и A. velatipes (Северная Америка). Это восьмикоординационный ванадиевый комплекс с зарядом 2–.
Концентрация ванадия достигает 40–190 мг/кг сырого веса, что в десятки и сотни раз превышает уровень в других грибах.
У амавадина отсутствуют стандартные связи V=O, молекула включает два лиганда. Предполагается его участие в антиоксидантной защите через взаимодействие с пероксидом водорода (роль пероксидазы), а также возможная токсическая функция для защиты плодового тела. Также амавадин придаёт светло-голубую окраску, скрытую другими пигментами мухомора.